The conservation status of the tuco-tucos, genus Ctenomys (Rodentia: Ctenomyidae), in southern Brazil

The goal of conservation biology should be related to the preservation of species and also to the evolutionary and ecological processes that were responsible to form them and that are still acting. We review the conservation status of the species of tuco-tuco (Ctenomys torquatus, C. lami, C. minutus, and C. flamarioni) from southern Brazil, and relate these data to the geological history of a particular area in that region, the Coastal Plain of the States of Rio Grande do Sul and Santa Catarina. The implications of the data on these species from the Southeastern Brazil are also discussed in relation to the evolution and risk of extinction of these subterranean rodents.

O objetivo da biologia da conservação deve estar relacionado com a preservação das espécies e também com os processos evolutivos e ecológicos que foram responsáveis por sua formação e que continuam ocorrendo. Este trabalho revisa o status de conservação das espécies de tuco-tuco (Ctenomys torquatus, C. lami, C. minutus e C. flamarioni) do sul do Brasil, assim como a relação entre estas informações e a história geológica de uma região de especial importância, a planície costeira dos Estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina. São também discutidas as implicações do conhecimento acumulado sobre as espécies de tuco-tuco no sul do Brasil em relação aos aspectos evolutivos e a ameaça de extinção que estas espécies de roedores subterrâneos sofrem.

Small mammal populations of an agroecosystem in the Atlantic Forest domain, southeastern Brazil

This study reports 2 years of the population dynamics and reproduction of a small mammal community using the removal method. The study was conducted in a rural area of the Atlantic Forest, in Sumidouro, Rio de Janeiro State, Brazil. The population sizes, age structure and reproduction were studied for the four most common species in the study area. The overall diversity was 1.67 and ranged between 0.8 to 1.67. The species richness was 13 considering the whole study. The most abundant species were the rodents Nectomys squamipes (n = 133), Akodon cursor (n = 74), Oligoryzomys nigripes (n = 25) and the marsupials Didelphis aurita (n = 58) and Philander frenatus (n = 50). Seven other rodents were captured once: Necromys lasiurus, Akodon montensis, Sooretamys angouya, Oecomys catherine, Oxymycterus judex, Euryzygomatomys spinosus and Trinomys iheringi. There were higher peaks for diversity and species richness during the winter (dry) months, probably due to higher food availability. The marsupials had a seasonal reproduction with highest population sizes at the end of the rainy seasons. Nectomys squamipes reproduced mostly during rainy periods. Akodon cursor reproduced predominantly in the winter with the highest population peaks occurring during this season. The analysis of the population dynamics of the rodent species indicated that no species behaved as an agricultural pest, probably due to the heterogeneous landscape of high rotativity of vegetable cultivation. Rodent populations were more susceptible to the removal procedure than marsupial ones.

Este estudo reporta dois anos da dinâmica populacional e reprodução de uma comunidade de pequenos mamíferos através de método de remoção. O estudo foi realizado numa área rural na Mata Atlântica, em Sumidouro, Rio de Janeiro, Brasil. Os tamanhos populacionais, a estrutura etária e a reprodução foram estudados para as quatro espécies mais comuns na área de estudo. A diversidade total foi de 1,67 e variou entre 0,8 e 1,67. A riqueza de espécies foi de 13, considerando-se o estudo todo. As espécies mais abundantes foram os roedores Nectomys squamipes (n = 133), Akodon cursor (n = 74) e Oligoryzomys nigripes (n = 25) e os marsupiais Didelphis aurita (n = 58) e Philander frenatus (n = 50). Sete outras espécies de roedores foram capturadas somente uma vez: Necromys lasiurus, Akodon montensis, Sooretamys angouya, Oecomys catherine, Oxymycterus judex, Euryzygomatomys spinosus and Trinomys iheringi. Houve maiores picos de diversidade e riqueza de espécies durante os meses de inverno (secos), provavelmente devido ao aumento na disponibilidade de recursos. Os marsupiais apresentaram reprodução estacional com maiores tamanhos populacionais no final das estações chuvosas. Nectomys squamipes reproduziu-se predominantemente durante períodos chuvosos. Akodon cursor reproduziu-se predominantemente no inverno, com os maiores picos populacionais ocorrendo durante esta estação. A análise da dinâmica populacional das espécies de roedores indicou que nenhuma se comportou como praga agrícola, provavelmente devido ao ambiente heterogêneo de alta rotatividade de cultivos de legumes. As populações dos roedores foram mais suscetíveis ao procedimento de remoção do que as dos marsupiais.

A contact map matching approach to protein structure similarity analysis

We modeled the problem of identifying how close two proteins are structurally by measuring the dissimilarity of their contact maps. These contact maps are colored images, in which the chromatic information encodes the chemical nature of the contacts. We studied two conceptually distinct image-processing algorithms to measure the dissimilarity between these contact maps; one was a content-based image retrieval method, and the other was based on image registration. In experiments with contact maps constructed from the protein data bank, our approach was able to identify, with greater than 80% precision, instances of monomers of apolipoproteins, globins, plastocyanins, retinol binding proteins and thioredoxins, among the monomers of Protein Data Bank Select. The image registration approach was only slightly more accurate than the content-based image retrieval approach.